Szkoła Podstawowa nr 6 po raz pierwszy otworzyła swe podwoje 1 września 1959 roku, w XX rocznicę wybuchu II wojny światowej. Gmach szkoły wzniesiono przy ówczesnej ulicy Generała Sikorskiego, nieopodal miejsca wielkiej kaźni hitlerowskiej. Dlatego też, chcąc złożyć hołd "pomordowanym na terenie Inowrocławia w latach 1939-1945", w południową ścianę budynku wmurowano tablicę pamiątkową, którą odsłonięto podczas uroczystości otwarcia szkoły.

"Szóstka" była pierwszą świecką i wówczas największą szkołą w naszym mieście. W 32 oddziałach rozpoczęło naukę 1250 uczniów. Do ich dyspozycji oddano 15 sal lekcyjnych, dobrze wyposażone pracownie fizyczno - chemiczną i biologiczną, salę gimnastyczną, gabinet lekarski oraz piękną świetlicę ze stołówką.

Pierwszym dyrektorem Szkoły Podstawowej nr 6 został Franciszek Górski (pełnił tę funkcję do 1977r.), na stanowisko zastępcy powołano Marię Markiewicz. Grono pedagogiczne liczyło wtedy 34 nauczycieli.

Lata sześćdziesiąte i siedemdziesiąte to okres świetności "Szóstki". Szkoła swoją pracą i różnorodnymi osiągnięciami w pełni zasłużyła, by nosić imię prawdziwego człowieka Renesansu. Toteż w 1973 roku, w pięćsetną rocznicę urodzin wielkiego astronoma, w wyniku dyskusji toczącej się na łamach Ilustrowanego Kuriera Polskiego postanowiono nadać Szkole Podstawowej nr 6 imię Mikołaja Kopernika.

27 lutego 1973 roku odbyła się uroczystość, na którą złożyły się: odczytanie aktu nadania imienia, odsłonięcie tablicy upamiętniającej to wydarzenie, przekazanie szkole sztandaru ufundowanego przez Komitet Rodzicielski i młodzież, ślubowanie młodzieży oraz cześć artystyczna.

Od tej pory dzień 27 lutego stał się świętem szkoły obchodzonym, co roku bardzo uroczyście.